西暦2020年、第三次世界大戦が開戦した。戦争の最前線として戦地となった日本はひどく荒れ果ててしまった。それから10年後の現在、復興は瞬く間に進んでいる。いつ次の戦争が始まってもおかしくない束の間の平和の中で、学生達は新型兵器、通称「戦闘機兵」の操縦者を目指して訓練に励む。そして、悲劇は繰り返されようとしていた。