21世紀後半、科学技術の進歩により人々の脳はあらゆる電子機器に接続され、電脳空間（サイバースペース）と呼ばれるコンピュータの作る仮想空間が重要なインフラとなっていた。 日本の海上都市に住む高校二年生の霧崎蓮（きりさきれん）は、その低い社会的地位から不当な扱いを受けていた。そんなある日銀行強盗に巻き込まれた蓮は、セツナと名乗る謎のプログラムから特別な力を授かり、強盗団の打倒に成功する。覚醒した彼は自らの信念に従って、都市の管理者達に対し戦争を仕掛けるのだった。