時は大正、文明開化を経て以降、怪しげな迷信や怪談の類はすっかり居場所をなくしていた。怪談話を馬鹿にしていた捻くれ者の学生・春輔は、ある日、怪談じみたバケモノに遭遇してしまう。窮地を救ってくれたのは日本刀を携えた美少女、『ナギ』だった。
怪異を惹きつける体質の春輔と、怪異を調伏して従えることを目的とするナギは、力を合わせて帝都の怪異を退治していくことになる――！