宇宙世紀0083。ジオンとの戦争終結から3年が経ち、コウ・ウラキ少尉はオーストラリアの連邦軍トリントン基地にMSパイロットとして配属されていた。そんなある日、テスト用に搬送されていた最新型ガンダム2機のうち1機が、彼の目の前で盗まれてしまう。しかもその機体には核弾頭が装填されていた!　残されたもう1機で後を追うコウだったが……。