あの夜、【魔法使い】に殺された少年は【魔術師】となって自分の存在を証明するために超ハイテク都市、サイバーシティ【ラグーン】に秘められた闇と対峙する。 バーチャル世界と現実世界が繋がった世界【ラグーン】において人々は快適で先進的な生活を送っていた。ラグーンでは円滑な社会生活と経済活動を行うために【生体アカウント】付与が義務付けられており、アカウント不所持者はラグーンでの生活を許されていない。生体アカウントが己の存在を証明するものとして機能していた。 夜の街を徘徊中に【魔法使い】と鉢合わせたことでそのアカウントを失い、社会的な死を迎えた少年ミコト。 ラグーンから見放された環境破壊と戦争兵器による汚染が進んだエリア、【領域外（りょういきがい）】へ逃げ出すことに。 【魔法使い】への復讐を果たすため、自分が何故、こんな目に遭ったのか理由を突き止めるためにミコトはラグーンの中央部【灯台（とうだい）】を目指す。 領域外で出会った元兵士のサイボーグ、リガルドと謎の少女リーシャと共にラグーンの闇に迫る。