魔獣の巣食う異界（ゲート）と、魔力を開花させた覚醒者が存在する現代。 落ちこぼれの覚醒者だった三神 刀夜は、突如起こった異界崩壊に巻き込まれ、その最中に少女を庇い命を落とした。 死後、女神から神輝兵に選ばれた事を告げられる三神。彼はそこから数百年もの間、邪神の軍勢と戦い続けた。 戦争が終わり、その功績を認められて願いを一つ叶えてもらえる事になった三神は地球への帰還を願う。 命を落とす直前に戻ってきた三神は、神輝兵としての能力を存分に発揮して全てをやり直す