高等部の始業式当日、透矢は小学校の同級生だった瑞希と小五以来の再会を果たす。何故か瑞希はスカートを着用し、女の身なりをしていた。昔、いじめっ子から守ってもらった過去をきっかけに瑞希は透矢を慕うようになるが、透矢はなかなか瑞希を受け入れられない。
　瑞希は男？　女？　スカートを履く理由は……？
　性別不明の高校生・葉山瑞希と、ごく普通の男子高校生・新井透矢が自分らしい生き方を模索するボーイミーツボーイ青春物語。