平成二十五年四月五日。警視庁に世界で活躍する盗賊『怪盗リアス式海岸』の予告状が届く。予告状には今夜九時アユカワビルに展示されている宝石を盗むと書かれていた。 一方テロ組織『退屈な天使たち』のメンバーたちは怪盗リアス式海岸の暗殺を企てる。 だが組織のメンバーの一人である愛澤春樹は野暮用があるといい作戦会議には参加しなかった。そのことを不審に思った日向沙織はジョニーと共に彼を追うが、そんな二人の元に暗号メールが届く。その暗号が示す場所で愛澤は彼の幼馴染と密会。その場で彼は思いがけない真実を知る。警察を翻弄するテロ組織の怪盗暗殺計画。謎の新興宗教団体の暗躍。 『怪盗リアス式海岸』とテロ組織『退屈な天使たち』の直接対決の行方は……