人類と謎の生命体ゴーストの戦いから10年が経とうとしていた。しかし、人類に残された傷は深く、多くの犠牲者がいる。
そんな時とある天文台がある怪しげな光を撮影、そのUFOだった。いつの間にか人類の星は狙われていて、すぐに戦争が始まった。しかし、相手の文明は人類を超えていた。そんな時に限ってゴーストが再出現してしまう。