最強の公務員魔法少女まじかる☆シトラスが死んだ。 まじかる☆シトラスの息子・乱道柚希は覆面の魔法少女に拉致され、東京湾に浮かぶステルスアイランド・楽天島に空輸される。 母からの遺書に従い、柚希は魔法少女を育成する国立楽天高等学校魔法少女科への入学を強制される。 まじかる☆シトラスのライバルの娘・苺坂みるく、元バレー部の快活少女・大海原まるの二人と共に、柚希は『最強の魔法少女』の名を背負いヴィランと戦う。