あらゆる場所で怪獣が出現するようになって千年が経ち、ついに星系外からの侵略者すらも姿を見せるようになった地球。 長きに渡る戦いに疲弊した国家政府が統治能力の減衰を見せ始める中、危機感を抱いた人々は各地で独自に抵抗を続けていた武装勢力や独立傭兵を抱き込み、地球防衛軍（Terrestrial Guardian Army。通称TGA）を結成。本部を北アメリカ東部に置いた 人々は決意を新たに、終わりの見えない戦いに身を投じていく。 末端から環境が死滅していきながらも、未だ旧き神秘が息吹く島国、日本。 この地には、約九百年前から代替わりを繰り返しながら巨大ロボット兵器『アダバナシタ』に乗って怪獣と戦う『不死の御子』と、それを支える者たちで構成された精鋭部隊────通称『不死隊』がいた。 海の底より輝く異形が現れし時、次世代の不死たる兆候が見られるようになった少年・風花九朗（かざばな・くろう）は、自らも人類種の脅威との闘いに身を投じる事を決意する。