1860년 당시 영국 식민지였던 뉴질랜드에서도 외국인 상류층 가정의 자녀들만 다닌다는 ‘체어맨 기숙 학교’ 학생 중 열네 명은 여름 방학을 맞아 뉴질랜드 해안 일주 여행을 떠나기 위해 ‘슬루기호’에 올랐다. 그러나 뜻밖의 사고로 열네 명의 소년들과 어린 수습 선원 한 명만을 태운 채, 슬루기호는 드넓은 바다 위를 표류하기 시작했다. 며칠간 파도와 싸운 끝에 낯선 해변에 좌초한 소년들은 섬인지 육지인지조차 모르는 곳에서 오로지 살아남기 위한 모험을 시작한다. 원정대를 만들어 그곳이 섬임을 알아낸 소년들은 지도자를 뽑아 섬에서 함께 살아가기 위해 필요한 규칙을 세우고, 사냥과 낚시 등 생존을 위해 필요한 일들을 분담하며 작은 공동체를 세운다. 섬 생활은 지도자격인 세 소년-헌신적이고 용감한 프랑스 소년 브리앙, 독선적인 영국 소년 도니펀, 현실적인 미국 소년 고든-을 중심으로 안정을 찾아 가는 듯했다. 그러나 예전부터 브리앙에게 일방적인 경쟁심을 불태우던 도니펀은 사고 이후 친구들에게 더 깊은 신뢰를 얻은 브리앙을 못마땅하게 여기고 사사건건 트집을 잡는다. 고든이 중간에서 갈등을 조정하려 애쓰지만, 결국 도니펀은 프랑스 인의 명령을 받기 싫다는 이유로 자신을 따르는 아이들을 데리고 공동체를 이탈한다. 그런 와중에 섬에 또 한 척의 배가 좌초된다. 그 배에 탔던 여인으로부터 잔인한 살인자 무리가 섬에 들어왔으며 도니펀 일행이 위험하다는 사실을 들은 브리앙은 곧장 달려가 도니펀 일행을 구하고, 두 소년은 화해를 한다. 새로운 위험 앞에 더욱 똘똘 뭉친 소년들은 섬을 빠져나가기 위해 커다란 연을 띄우고, 모두를 위해 위험을 무릅쓴 브리앙 덕분에 악당들의 위치를 알게 된다. 결국 소년들은 악당 무리에서 도망쳐 나온 갑판장 에번스와 함께 악당들을 물리치고, 보트를 수리해 집으로 돌아가기 위한 마지막 항해를 시작한다.