12歳のシンゴは、ある日突然幼なじみの少女テルからプロポーズされた。それは、ベガーと遊ぶのを親に反対されたテルの、なんとも破天荒な解決案だった――100年の旅を続ける多世代恒星間航宙船に、突如出現したゼリー状生命体"ベガー"との戦争と和睦から15年。いまだベガーを嫌悪する親世代に対し、彼らと深い絆を結ぶ戦後生まれのシンゴたちは真の共生社会の誕生を夢見るが……陰謀と友愛が交錯する新世代宇宙ＳＦ！