西暦2019年、第三次世界大戦によって東京都は壊滅。西暦2047年の新東京都に住む、桐瀬凛神は夜中にバイクを走らせていた。そして、友人の逢沢がひき逃げにあってしまう。凛神は逃げた車を追いかけるが凛神と同じくその車を追う人物がいた。その自分は凛神の幼馴染の黒咲哀だった。 この時、二人の少年少女の運命は大きく動き出す。