四方を壁に囲まれた巨大な箱庭都市、『魔女特区』。ここでは魔女と呼ばれる不思議な力を持つ者たちと普通の人間が暮らす街である。 　そこで暮らしている普通の男、「天野原天理（あまのはらてんり）」の職業は教師――しかもただの教師ではなく、魔女を生徒に受け持つ先生であった。一癖も二癖もある問題児だらけのクラスで、彼は彼女たちを卒業させるために翻弄される日々。そんな中、彼女たちを狙う者がいて……？ 「一年M組担任、高野原天理。これより、生徒指導を開始します」 　魔女たちが巻き起こす事件に巻き込まれつつも、彼女たちの未来を守るために一人の先生が彼女たちを教え導く。これはそんな物語。