近隣国とのいざこざがニュースで流れる怪しい情勢が漂う中、高校２年生、成宮生人のクラスにとても美しい容姿の本田莉々奈が転校してきた。 彼女はその美貌故に学校内ですぐに噂となった。 成宮生人も本田莉々奈を意識し始めるようになるが、下校時に突如として彼女から声を掛けられた。 「よかったら、お食事にでもいきませんか？」 断る理由もなく食事に行くが、それを契機として自分を取り巻く環境の違和感に成宮は気づいていく。 そして自分がただの高校生ではない事を知る成宮生人。 過去の任務で精神崩壊してしまった人間兵器――成宮生人を再覚醒させるために、本田莉々奈は高校に来たのだった。 彼は天才物理学者が提案した国家プロジェクト「守護者計画」によって開発された人間兵器だった。 兵器として「戦う」目的をもって生みだされた成宮生人と本田莉々奈。 そして彼らの開発に携わった天才物理学者と教育係。 国家の作戦方針に巻き込まれながらも、彼らは自らの道を歩み始める。 それぞれの未来を見つけ出す物語――。