第二次大戦終戦のから数年の月日が流れた。高度経済成長期への入り口に立ち、復興に歩みを進める日本。もはや戦後ではないという言葉が囁かれる中、その裏側ではいまだに戦火の残り火がくすぶり続けていた。 　それは歴史の闇か人の憎悪か。古来は朝廷傘下、今では政府の隠された部署としてまことしやかに存在を噂される霊能庁。 　そこに所属する辰巳昭寿の下にカトリック神父とシスターが派遣される。 　片やかつての敵国、アメリカ生まれの日系人神父、ジャスティ・サエキ・ドーソン。もう一人はイタリアよりやってきた破天荒なシスター、メリー・ネルス。 　三人の出会いは歴史の闇に葬られた奇怪な事件を呼び起こしていく。