エクリプスという名の恐ろしいウィルスが、この世界に蔓延していた。それは日食の日に隕石と共に落ちてきた。
隕石に付着していた未知のタンパク質【原初の種】をもとに人為的に作り出され、感染者を強烈な殺戮衝動と苦痛に苛ませ、最終的には肉体が異形の塊へと変わってしまう恐るべき病気だった。感染者たちは自己対滅し、肉体そのものが歪みを帯びる過程で【適合者】と呼ばれる者たちが生まれ、彼らはさらに異なる能力を持つ兵器へと変化してしまうのだった。

このウィルスの治療法は未だ不明だが、感染者を取り纏めている組織の人物は制御方法を知っているらしい。しかし、現在では多くの地域で感染者が続出し、混乱が広がっていた。その意味深い名前、【エクリプス】はまるで日食のような暗闇を予感させた。

一方、感染者が操る新たな兵器【ディバイダー】が登場していた。これは感染者によって様々な形状や能力を持っていて、銃や剣のような武具から車のような物まで千差万別ただ共通の能力として魔法を無力化する能力を持っていた。その部品としての【リアクター】が因子適合者によって活性化され、さらなる力を引き出すことができた。そして、適合者、ディバイダー、リアクターが揃うと、何と【星を殺す猛毒】と呼ばれる力を持つという。

物語は、エクリプスウィルスのオリジナルである【原初の種】を巡る争奪戦から始まり、新たな兵器や技術がもたらす影響が広がっていく中で、主人公たちが立ち向かう姿を描いていく。