人型ネウロイとのコミュニケーション実験である「トラヤヌス作戦」は思わぬ事態となり、「504」は撤退戦を余儀なくされた。傷ついた彼女たちはどのように立ち直るのか？そんなとき「オペレーション・マルス」での新たな作戦が発令される。いま「504」の真価が問われる！