東京武偵高校、そこは武力を行使する探偵——通称『武偵』を育成する特殊な学校。「ある体質」を持つ遠山キンジは、そのことを周囲に秘密にしつつ、平穏を求めて日々を送る探偵科所属の高校二年生。しかし、強襲科の超エリートである神崎・Ｈ・アリアと出会ってしまったことにより、キンジの日常は平穏とは程遠いものへと変わっていくのだった——。