2020年の夏、東京に暮らす15歳の少年、亀鳴以呂波(カメナリイロハ)はある日、天才科学者である祖父の亀鳴四十八(カメナリシクバ)の作り出したバイク型のタイムマシン、コンドルくんの試運転に半ば強引に付き合わされ、2999年の未来へタイムトラベルを行う。 謎の声に導かれ、なんとか予定通りたどり着いた未来は、既にヒトの文明が崩壊していたのだった。 追い討ちをかけるようにタイムマシンが謎の不調により現代への帰還が困難となり、同時に原因不明の高熱に倒れてしまう以呂波。 そんな彼を助けたのは、翼のような髪を持つ少女、参緒望(マイオノゾミ)と山羊の角と脚を持つ少年、供儀獣ノ助(キョウギジュウノスケ)だった。 以呂波は望をはじめとする人々との交流を深めつつ、帰還のための方法を模索していく。 その過程で祖父の発明したタイムマシンの秘密を知ることとなる──。