地球に未知のウイルスが蔓延し、人類が絶滅するのを防ぐために「箱舟」という巨大移民船で月へ逃れてから数千年。 月では再び地球へ戻る為、連合軍と連邦軍が箱舟の発掘作業を行いながら争っている。 その争いの中で負傷した主人公ラディウスがティエラという少女に助けられる。 ラディウスは最初、ティエラがアンドロイドだと思い、それを売ろうとした。だが、売ろうとしていた時、ティエラが連邦で開発された地球を正常化するために創られた人であることを知る。 ラディウスはそれを聞いて、地球にティエラを送り届けることを決意し、一緒に地球へ向かう。そして地球を正常化し、この物語は終わります。