突如発生した感染病は膨大なゾンビ達を生み出し、僅か３ヶ月で世界人口を１０００分の１にまで減少させてしまった。首都東京も死人達が彷徨うゾンビの都へと変貌してしまっている。しかし「コロニー」と呼ばれる隔絶された空間に逃げ込むことに成功した人間達のみ、どうにか災厄を乗り越えることができたのだった。 しかし東京に５体いるという恐怖の力を持つゾンビ（スーパーゾンビ。もしくはゾンビの王）を前にしては、コロニーの防御力もまるで役に立たない。この怪物と戦えるのは彼らのウイルスに感染し、免疫を獲得した者のみ。 ある日、災厄を免れていた父島から物資を求めて男たちが東京港に上陸するも、ゾンビに襲われて壊滅してしまった。しかしその中の１人、石見蒼汰という青年だけは垣内彩奈という少女によって救われることになった。少女には秘密があり、そして石見蒼汰はスーパーゾンビとの戦いに否応なく巻き込まれていく。