遠い遠い未来……。 恒星間航行とテラフォーミング技術の発達により、人類は銀河系全域に勢力圏を広げていた。 繁栄の一方、中央政府は太陽系を聖域化し、植民星に対して苛烈な支配をおこなうようになっていた。 辺境出身の少年ショウジ・ブラックウェルは、地球への密航を企てた罪で海軍に逮捕される。 容赦ない尋問を受ける彼を救ったのは、謎の海賊船だった。 「紅の髑髏旗」を船首に掲げたその艦――海賊船艦「アラドヴァル」の乗組員は、艦長ジュリエッタと、制御コンピュータのクロエのみ。 ジュリエッタの許しを得て、ショウジは見習い水兵としてアラドヴァルへの乗艦を許される。 めざす地球ははるか。行く手に待ち構えるは星の数ほどの敵。 三人と一隻の孤独な戦いの旅路が、いま幕を開ける。