JAXAは小惑星探査機はやぶさを打ち上げるが、小惑星に偽装したUFOを発見する。国際社会において、日本国内閣総理大臣物部泰三とアメリカ合衆国大統領ロナルド・J・ジョーカーは事態対処の主導権を握ろうとする。 エイリアンがコンタクトのためのスペースシャトルを破壊。連鎖的にスペースデブリが発生し、衛星電波がダウン。その隙に全世界にUFOが降下、地球が制圧される。 UFOは天皇と政府高官を人質に捕らえ、地球の蹂躙を始めた。航空自衛隊F15戦闘機パイロット出身の防衛大臣荒垣健が内閣総理大臣臨時代理に指定され、この危機に立ち向かう。 そのような中、ジョーカーの側近たる国家安全保障担当大統領補佐官が核による攻撃を主張し、日本に核を搬入する。