不死の体を持つ嵩原幸太郎は、行方不明になった妹の凜を探して、幼馴染の片桐七海と共にケガレモノと呼ばれる異形を狩っていた。ある日、幸太郎は謎の女剣士くれはと出会う。彼女との戦いで幸太郎は自信の内なる市の渇望を自覚することになる。 斬られた腕を機械の腕に換装し、また恩師の義之との再会で、彼に教わった困っている人を助けるという信念をを再確認しつつ、再び幸太郎は妹を探す。 途中訪れた村でひなという少女と、その親である剛毅をはじめとした村人たちとの交流を経て、幸太郎は自己を肯定できるようになり、また村を苦しめてきた山神という化け物を対峙することに成功する。 しかし、そこに突如妹の凜が現れた。行方不明になってから狂乱状態の凜は村人たちを手にかけ、遂には剛毅の命を奪ってしまう。剛毅の死により、ひなも錯乱し、幸太郎は罪の意識から心配してくれる七海を突き放してしまう。 思い詰めた七海が凜に単騎で挑むも敗北し、死に瀕した七海を幸太郎が不思議な力で救う。その力とくれはの協力によって妹の凜を救うが、連れ戻した所で凜は人を殺めた罪悪感から自らの殻に閉じこもってしまう。 兄として凜を罪の意識から解放するため、幸太郎はケガレモノをこの世から消し去ることを決意する。 その方法を探求する内に、義之がケガレモノを生んだ張本人であるということがわかる。同じ体を持つ義之に対抗するために幸太郎は立ち上がる。 復活した凜とくれはと七海の協力によって幸太郎は義之に勝利し、ケガレモノを消し去る機会を得るが、そのためには自分の命を引き換えにしなければならなかった。 七海の反対を振り切り、困っている人を助けるという信念に準じて、幸太郎は命を捧げ、その結果世界からケガレモノという異形が消え去った。