高校に入学したばかりの天方日呂（あまかたひろ）は、九重野乃（ここのえのの）と御朱印集めの趣味を通じて初めて神社デートに行くが、巷で騒がれている神社仏閣テロに遭遇した。 これまで神社仏閣テロの真相は世間には、隠蔽されていたが、政府の最重要機密事項とされていた地球外生命体による地球侵攻が原因であることがわかる事件がテレビの生放送で流れてしまい、世界中が知ることになった。 神社仏閣襲撃事件に巻き込まれた天方日呂は、その後、科学で解明されていない神秘的な力、〝黎力＝アルカナム〟の保有者であることが検査で判明し、日本政府に拘束される。保有率は１万分の１で、新たに「異世界」への移動方法と、３千人の先遣隊の調査で地球外生命体に対抗する手段が異世界に眠っていること。生還者３人が黎力持ちであったことから、天方日呂は強制的に異世界へと送られる。 魔物が蠢くデスゲームのような世界。 次第に能力に覚醒していく天方日呂はそこで、九重野乃に再会する。 地球への帰還を拒んだ日呂は、その後の調査で世界で唯一の地球の救世主であることが判明した。 天方日呂を連れ帰るべく日本の黎力者（アルカナ）の最強戦力〝十二使徒（ナンバーズ）〟に選ばれた九重野乃は再び異世界へと旅立った。