蓮の特殊なＥＳＰを用いて“救世主”の復活を画策するクローディア。それを阻止すべくリンカたちは蓮の救出にアレス本社へ決死の突入を決行。あらゆる場所で決戦が巻き起こる中、ついにあの男――教授が動き出し！？

※本作品の電子版には、本編終了後に『幽霊船クロニクル(1)』より第１話の試し読みが収録されています。