時代は1930年代。小学校を卒業したばかりの竜二とさゆりは風おじさんの家へ招かれる。動物の言葉がわかるおじさんの家には、神代に祖先をもつ個性豊かな動物たちが一緒に暮らしていた。ある日、この一家のもとにアンデス山脈にいるズグロキンメフクロウから手紙が届く。危機を知らせる差し迫った内容に、さっそく探検隊が結成され、一行は南米ペルーへと向かう。それは太古に巨大哺乳類が絶滅した謎に迫る大冒険の始まりだった。