異能者と呼ばれる特殊能力を持った人々が現れて、もう三十年の時が経つ。 平凡な少年神崎直樹は、たまたま帰りが遅くなったある日、黒ずくめの少女とぶつかってしまう。その直後、警察に連行されてしまった直樹は、黒ずくめの少女が異能者を殺す暗殺者であることを知る。 異能犯罪対策部に協力している少女炎（ほむら）と共に、直樹はなし崩し的に黒ずくめの少女心（こころ）の秘密を探ることになるのだが――。