主人公の神崎美麗はある日を境に不登校気味になる。 駅のホームで学校に行きたくないと切に願った時、周りの人々の動きが止まり、1台の列車がやってくる。行先は『雲』＿＿。 『雲』の世界で美麗は同じように辛い境遇にある小学四年生の三原陽菜と、高校一年生の月雲悠稀と出会う。 『自分の欠片』を見つけなければ、『雲』での記憶を全て失ってしまう。彼･彼女らは『自分の欠片』を探すべく、『雲』の世界を冒険する。