江戸末期、万次は坂本龍馬と共に京都を訪れる。待ち構えていたのは「逸番隊」なる部隊を操る新選組だった。池田屋の戦いの後、逸番隊は万次らへ総力戦を挑んだが、あえなく撃退される。やがて薩長同盟が成立すると、龍馬は武力倒幕ではなく大政奉還による無血革命を提言。龍馬は幕府のみならず諸藩からも命を狙われる身となる。一方、新選組内部では土方歳三が、肺の摘出手術の後遺症に苦しむ沖田総司に対して江戸帰還を命じた。