【『沈黙の艦隊』1～4巻を収録した超合本！※内容はコミックス発売当時と同様です。】日米は、世界でも類をみない高性能な原子力潜水艦「シーバット」を、極秘裏に造り上げる。日本初の原潜であったが、米第7艦隊所属という、数奇の宿命を背負った落とし子でもあった。艦長には、海自一の操艦と慎重さを誇る海江田四郎が任命された。が、海江田は突如、試験航海中に指揮下を離れ、深海へと潜行する。