日本に帰国した御門ケインは、ラボ・タワーで昏睡を続ける妹ミオの深層意識探査を行う。そこでケインは覚醒したミオによって全ての意識の最基底『障壁』へと強引に沈められ、自分が数千年の寿命を持つ『稀人』によって『障壁』を切り裂く存在として創り上げられたことを知る。稀人同士の戦いの中、以前から監視していた米軍はラボ・タワーを掌握し計画を奪おうとするが、その時『障壁』から現れた異世界の存在によって、ラボ・タワーは惨劇の場と変わる。