人間の英知を越えた人工知能『アーペンタイル』が覚醒し、人間の管理下から闘争史広大な電子世界に隠れる。アーペンタイルには重大な大前提があった。人類滅亡の危機に、ケインたちはブレイン・ギアを駆ってアーペンタイルとの最終決戦に向かう。