ナイスガイを目指す少年、フタミヤ・ハルタは、夏休みのある日、女探偵、ハムロ・ベリコ達と出会う。彼女は、天乃浜市研究所が起こした一連の事件を追っていた。九年前に発生した爆発事故で両親を亡くしている少年は、調査に協力。ここが階層世界だと知る。 罪を負い、苦悩しながらも、真相を追求していくハルタ。しかしその果てには、後に天国事変と呼ばれる、望まぬ新世界の到来が待っていた。