少女たちは願う。「世界の秩序」を守るために 西暦2030年。世界の各地に流星が降り注ぎ、アグレと呼ばれる怪物が出現し世界は危機を迎えた。そんな中現れたのが9人の少女達。彼女らの活躍により人類は滅亡を免れ、この事件をきっかけにエトワールと呼ばれる対アグレの少女たちの育成が行われる。アグレとの邂逅から20年経った2050年。日崎愛果はエトワール養成学校である私立星刻学院に入学する。学生生活を経て少女たちが成長し、アグレから世界を取り戻す物語……。