어떤 사건을 계기로 하늘을 나는 즐거움을 잃어버린 부조종사 하루히. 그런 하루히 앞에 소꿉친구 미나토가 관제관이 되어 나타난다. 옛날을 생각하며 친하게 다가오는 미나토를 귀찮아 하면서도 그의 격려에 자신을 되찾게 되는 하루히. 하지만… "난 하루를 좋아했어." 미나토의 갑작스런 고백에 둘의 관계는 어색해지는데…