蓮の物語から二十年ほど。彼女の子供である双子の兄妹の雨宮 暁と雨宮 悠は母を同じように冤罪を着せられてしまい母の地元で過ごすことになった。 悠は言霊という強い力があるために日常生活にも支障が出てしまうほどだった。そんな彼女と、冤罪のせいで白い目で見られてしまった暁を守るために送り出したのだが、学校でも噂を流されていた。 二人は城に迷い込み、そこでアルターの力に目覚め、「二代目幻想怪盗団」としての物語が動き始める。そんな二人の目の前に黒衣の男女も現れ、「真実を探せ」と告げられる。 彼らの物語の終着点はどうなるのか。二代目怪盗団の物語がようやく幕を開ける。