日本の歴史は妖と言われる妖怪との戦いの歴史でもあった。 平安は陰陽師、鎌倉は武士団、戦国時代は大名、江戸時代は幕府、大正時代は帝国陸軍。忘れたころにやってくる妖怪に対して政府は日常を守るべく対応に追われたが、鳳龍師と呼ばれる正義の味方が出現。協力して妖怪を退治し、人々の平和は守られた。 大正時代の時の戦いは政府によって記録されたが、大戦によりすべて焼失。公的資料を失った妖怪はフィクションの存在として扱われることとなり、いつの間にか、そんなものはいないと言われるようになった。 戦いの記憶を失った平成の世。再び妖怪が出現。警察が対応に乗り出したが、制服警官が所持している武器では対応できないと判断。特殊部隊SATが出動したが、それでも対処できなかった。 政府は不明生物対策本部を立ち上げ全容把握に着手。警察の力で対処できないと判断したため、自衛隊に出動を要請。何とか対処させることができたが、この日を境に不明生物が次々と出現。政府は認定不明生物と呼称し次々と対処した。 認定不明生物に関し、情報が欲しかった政府は各分野で活躍していた研究者を招集。調査した結果、大正時代に作成された文献に「妖なる獣現る」という記述を発見。以後、認定不明生物から「妖獣」に呼称を変更。世間に定着した。時を同じくして、各都道府県の警察本部に特別攻撃部隊が設置。ここから、妖獣と警察の戦いが始まった。 妖獣が出現してからそれが日常となっていた2年後の春。戦いは新たなフェーズへと移行。伝説の戦士、鳳龍師が再び現れ、100年前同様、妖獣を倒したのである。 赤い巫女として世間から言われるようになったが、その正体はどこにでもいる普通の女子中学生。鳳龍師と一緒になって戦うことになった野口由美子は日常を守るために戦う。 これは、由美子とその周辺にいる人々の戦いの記録である。