舞台は神仏の住む理想の地、神仏郷。

しかし、突如現れた謎の兄弟妖怪・赤神大魔王と青神大魔王により、神仏郷の神々しさや美しさは奪われ、そして、神仏郷の神々は醜い姿に変えられてしまう。更には、彼らの送り込む妖怪に、神仏郷の神々は為す術もなかった。

そして、赤神と青神の霊力により、釈迦如来から姿を変えられた「仏ナオト」は、司隊に入隊し、他の神々の手を借りながら、赤神と青神に対抗するために建造された神兵器「アミーダシリーズ」のパイロットとなる。ナオトは、自身を初め、神仏郷の神々を元に戻すべく、赤神と青神を倒すために、奮闘することとなる。