闇に潜む未確認生命体「ダークネス」は人間を襲い、住処を得ようとしていた。 人間の世界を守るべく千年も前から活動している組織の命令によって戦う少年達は、己の命を犠牲に「ダークネス」から人間を守り続けていた。 組織の一人である少年 神谷夜は襲われている少女を助け出す。 少女は「ダークネス」の求める力を所有しており、命を狙われていた。 なりゆきで守る事になってしまった夜は仲間と共に少女の為に力を貸す事を決断する。 その一方で「ダークネス」側に存在している強敵が動き出し……。