近未来の東京。便利屋を営む少年コリィと相棒の女イオのもとに、襲撃の予告を受けたという一人の老人が相談に訪れる。事件当日、コリィとイオは、不死身の少年ハイドラと対峙し、かつて壊滅したはずの殺戮組織「聖域の守り手」の存在を知ることになった。さらに、国が秘密裏に擁する対テロ強化人間「刺客」が動き出す。繰り返されようとする悲劇を防ぐため、二人は血塗られた過去を背負い立ち上がる。