駿太のクラスメートの少女が、ある日消えてしまった。
警察や保護者が探してもまったくその行方はわからない。
同じクラスのオカルト大好き女子は、神隠しにあったのかもしれないと言う。
その神隠しには、普通の学校の七不思議より１００倍怖いと言う、シン・学校のナナフシギが関わっていると。
少女を救出するべく、不思議な力の持ち主であるポンコツ先生と駿太たちは、シン・学校のナナフシギを探るクエスト隊を結成する。
果たして、駿太たちはシン・学校のナナフシギの謎を解いて無事に帰ってくることができるのだろうか。
神隠しにあった少女を取り戻すことができるのだろうか。
恐怖と、戦慄のシン・学校のナナフシギが今夜開幕する。