遥か昔、一人の人間がある大陸に漂着した。そこに一つ輝きを帯びていて天まで届きそうな樹が見えた。それは願いを叶える神樹（カルパヴリクシャ）であった。その樹に向かう途中で出会った男に案内されその樹のふもとまで行くと時期がめちゃくちゃな花が咲き正に千紫万紅の実景だった。その男は巨大な樹の近くに住む民族の族長の長兄で私を見つけにきていたという。
その一族は十二人の兄弟がおり、兄弟らは一族繁栄の為に未開地に眠る資源を求め開拓をする。未開地を開拓した兄弟たちはそれぞれ国を興した。
月日は経ちその女は十二人の子供を産んだ。兄弟は国を興したものの後継者が居ない所に女は子供を送った。その子供たちは王位継承し十二の国をそれぞれ支配しお互い協力関係になっていた。いつしか神の樹に魅せられ彼らは神の樹で不老不死の種族に成ったが更に欲に眩んだ十二人は更なる力を求め願う。それを覗いていた神様たちの逆鱗に触れ、天明を享けることになった。
天罰から３０００年が経った世界は十二の国に分かれており、それぞれの国境線上に不思議な壁〝不可抜の壁〟と呼ばれるものが雲間に届くほど高く伸びていた。その壁は硬くは無く触ると柔らかいのだが生物、無機物までも通り抜けることの出来ない創りだった。その一国で高校生として生活している主人公。家系は主家と分家の関係性のある特殊な環境だった。その関係性は神の力に起因していた。主家の神力は身体を強化して刀術を扱うのに重きをおいており、対して分家はその力に耐えうる刀と刀装具を創る事に重きをおいていたからだった。この国にはこの関係性を持った家柄が自分を含め三家存在していた。その中の一つである栃佐野家に一人息子として生まれた主人公の栃佐野　葵（とさの　あおい）は神力を享ける為に鍛え上げた肉体でさえ必要としない平和な世の中でこの力を受け継ぐ事に意味はあるのかと日々疑問を抱いていた。だがそんなある日、葵と父親の前に神の遣いを名乗る者が訪問してくる。
使者いわく我々の様に神の力を受け継いでいる人間がこの国の外にもいること、さらには不可抜の壁が無くなる事も知らされる。使者は神樹を集める事を目的としており、その為に他の二家と他十一カ国に居る神力を操る一族らとも協力をして欲しいとのことだった。集めなくてはならない理由がたまたま先史文明の遺物を掘り当てた企業達が先史文明の技術を解析したところ願いを叶えられる神樹の存在を知り、神樹を集めて先史文明の技術の髄を手に入れると言う目的を持ってる事を知りそれを阻止したい為だった。それを聴き自分たちが受け継いできた神の力の意味を理解した葵たちは使者の協力をすることを決めた。