〈魔女（ウィッチ）〉と呼ばれる少女の形をした超常生物が出現し、人類が滅亡しかけた世界。人類は〈魔女〉の肉体構造を研究、解明し、同等の力を再現した人工生命体〈戦乙女（ヴァルキリー）〉の開発に成功し、滅亡を回避することが出来た。 そんな世界に生まれ育ち、〈魔女〉の襲撃によって死んだ青年、鏡石 叶は、気が付けば〈魔女〉として転生していた。 巨大な異形の腕と尾、角を持つその姿は一般人を恐れ怯えさせ、軍の人間や〈戦乙女〉からは敵意を向けられ、命を狙われる。そして当然、誰も叶へと好感情を向けてはくれない。 そんな生活が数カ月も続き、心が疲弊して寂しさを募らせていた時、叶は自身の姿を見ても怯えず、普通に接してくる少女、大森百地と出会う。 今までの寂しさの反動のせいか、自分でも驚くほど百地へ入れ込み、依存していく叶。 そこへ、叶を狩るため襲っていくる個性的な〈戦乙女〉、通常から考えれば異色の個体である叶を研究したいマッドサイエンティスト、叶を仲間へと引き入れたい他の〈魔女〉など、様々な人物が叶の元へと訪れるが……。 「俺には、百地さえいればかまわない」 異形へと転生して手に入れた力で、叶は百地との生活を守り切れるのだろうか！？