環境破壊、温暖化、砂漠化や未知の疫病の蔓延。様々な要因により人口は50%以下までに減り、労働力を補うためにアンドロイドが普及した時代。辺境にひとり住むヒデヨシのもとに、若く美しい女性ナビィが訪れる。記憶がなく、暴漢から逃げてきたという彼女を、彼は保護することに。 彼女はさまざまな人と出会い、人類が滅亡に向かう世界の現実を知る。それでも希望を失わずに前を向く彼女の姿に、ヒデヨシも感化されていく。 彼女の衣服がアンドロイド研究の権威、ハヤカワ博士の妻のものだということがわかるも、彼は約70年前に妻と失踪。屋敷はすでに廃墟になっていた。 ナビィを狙う暴漢に遭遇し、逃げるうちヒデヨシはトラウマの発端の場所に辿り着き取り乱す。 貧困街育ちの彼は、恋人のためアンドロイド研究者になるも、気持ちのすれ違いにより彼女と喧嘩別れをする。しかし直後に起きた百貨店の崩落により彼女が死に、それ以来彼は自暴自棄になっていた。 過去を話したことをきっかけに、ふたりは歩み寄り、徐々に惹かれ合うようになるが、記憶喪失を理由に関係が進まない。暴漢がアンドロイド研究者を憎む新興宗教団体の者だと推測するも再襲撃を受け、ナビィが攫われる。彼らは彼女が感情を持つアンドロイドであることを知り、彼女を消すことで人間を破滅に向かわす神に許しを得ようとしていた。 ナビィ救出後、博士の屋敷を調べ、彼が亡き妻を再現するために作ったアンドロイドがナビィだと知るも、開発データを狙うヒデヨシの旧友の裏切りにより、ふたりは追われる身に。ヒデヨシを助けるため、ナビィは追手と共に自爆する。 彼女が機械だと知ったことで気持ちに迷いが生じ、ナビィに「好きだと」言えなかったヒデヨシだが、彼女の死により自分の気持ちを自覚し後悔する。 彼は彼女の再建を試みるも、ヒデヨシに「今を生きてほしい」と願っていた彼女の言葉を思い出し、開発を中止し、前を向いて生きることを決める。