人類の新たな居住惑星開拓を目指し航行するキボゥトス型巡航艦6番艦「サバオート」。その中では自らの出自と境遇に劣等感を懐きながら「ソフィア」の使命に燃える男と、男の伴侶として選ばれてしまった女が、次世代を培養させながら生活をしていたが……