2000年代、戦争の後遺症により混沌に満ちた日本。20歳の青年・旭日は、数年前に母が謎の事故死を遂げ、それを機に軍人である父が失踪した。残された妹と共に暮らしていた旭日は、ある日国家親衛隊から、母の死が他殺であったこと、父が敵討ちの為に消えたこと。そして父が、親衛隊がかつての戦争の為に作った『改造強化人間〈エスワン〉』の1人であったことを聞かされる。 母を殺した男は元親衛隊で、持ち去った改造人間の技術を使い、テロ組織を率いている。親衛隊は旭日を、テロ組織の改造人間を抹殺するための対エスワン用である、『第三世代エスワン』に作り上げる。 旭日は母が殺された真実と、父の思惑を知るためにその肉体を捨てて。親衛隊はエスワン技術の流出を止め、わずかな秩序を守るために。彼らは本来失うことのなかった日常に、幸せに思いを引きずられながら血で血を洗う殺し合いを始めていく。