時は近未来。人口増加により枯渇しつつある資源を、未だ手付かずの深海から得るようになった時代。海洋開発により潤う沿岸国と経済の低迷にあえぐ内陸国という二極化は、世界の新たな火種になっていた。 世界中の海洋資源プラントや深海鉱床でテロリストの襲撃が頻発する中、太平洋ハワイ沖の洋上採掘プラットフォーム『ケロン』も、環境保護を謳うテロリストに襲撃される。 その事件の最中、深海鉱床が大崩落を起こし太古より眠っていた『脅威』が目を覚ます。そして、ケロン防衛に当たっていた海上自衛官、真道恭司は崩落現場奥の『遺跡』に迷い込み、そこで一人の少女と出会う。 少女は語る、「大切なのは、絶望をはねのける意志の強さだ」と。 牙を剥く太古の脅威、『終末兵器』との戦いを余儀なくされた人類に未来はあるのか？ そして、遺跡で眠っていた少女は『パンドラの箱』に残された希望なのか？ 大海原を舞台に、人類の存亡をかけた戦いが始まる。